Open a terminal.

Navigate to directory:
cd /etc/X11/

Backup the xorg.conf file:
sudo cp xorg.conf xorg.conf.backup

Modify the file:
sudo gedit xorg.conf

For my Dell LCD's each with it's own same video card:

Section "Device"
    Identifier    "NVIDIA Corporation NV43GL [Quadro FX 540] 1"
    Driver        "nv"
    BusID        "PCI:1:0:0"
EndSection

Section "Device"
    Identifier    "NVIDIA Corporation NV43GL [Quadro FX 540] 2"
    Driver        "nv"
    BusID        "PCI:2:0:0"
EndSection

Section "Monitor"
    Identifier    "Monitor 1"
    Option        "DPMS"
    HorizSync    28-51
    VertRefresh    43-60
EndSection

Section "Monitor"
    Identifier    "Monitor 2"
    Option        "DPMS"
    HorizSync    28-51
    VertRefresh    43-60
EndSection

Section "Screen"
    Identifier    "Screen 1"
    Device        "NVIDIA Corporation NV43GL [Quadro FX 540] 1"
    Monitor        "Monitor 1"
    DefaultDepth    24
    SubSection "Display"
        Depth        1
        Modes        "1024x768" "800x600" "640x480"
    EndSubSection
    SubSection "Display"
        Depth        4
        Modes        "1024x768" "800x600" "640x480"
    EndSubSection
    SubSection "Display"
        Depth        8
        Modes        "1024x768" "800x600" "640x480"
    EndSubSection
    SubSection "Display"
        Depth        15
        Modes        "1024x768" "800x600" "640x480"
    EndSubSection
    SubSection "Display"
        Depth        16
        Modes        "1024x768" "800x600" "640x480"
    EndSubSection
    SubSection "Display"
        Depth        24
        Modes        "1024x768" "800x600" "640x480"
    EndSubSection
EndSection

Section "Screen"
    Identifier    "Screen 2"
    Device        "NVIDIA Corporation NV43GL [Quadro FX 540] 2"
    Monitor        "Monitor 2"
    DefaultDepth    24
    SubSection "Display"
        Depth        1
        Modes        "1024x768" "800x600" "640x480"
    EndSubSection
    SubSection "Display"
        Depth        4
        Modes        "1024x768" "800x600" "640x480"
    EndSubSection
    SubSection "Display"
        Depth        8
        Modes        "1024x768" "800x600" "640x480"
    EndSubSection
    SubSection "Display"
        Depth        15
        Modes        "1024x768" "800x600" "640x480"
    EndSubSection
    SubSection "Display"
        Depth        16
        Modes        "1024x768" "800x600" "640x480"
    EndSubSection
    SubSection "Display"
        Depth        24
        Modes        "1024x768" "800x600" "640x480"
    EndSubSection
EndSection

Section "ServerLayout"
    Identifier    "Xinerama"
    Screen 0    "Screen 1"
    Screen 1    "Screen 2" RightOf "Screen 1"
    InputDevice    "Generic Keyboard"
    InputDevice    "Configured Mouse"
    InputDevice     "stylus" "SendCoreEvents"
    InputDevice     "cursor" "SendCoreEvents"
    InputDevice     "eraser" "SendCoreEvents"
    Option "Xinerama" "true"
EndSection

Then Reboot.  I think you could also restart xwindows, but I dunno how to do that yet.